WCG 10th Birthday Challenge

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Eric
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#13 Ungelesener Beitrag von Eric » 21.10.2014 08:47

Und ihr glaubt nicht dass WCG sich nicht vorher Gedanken darüber gemacht hat, ob das SIMAP ähnelt oder nicht, bevor sie das Projekt von Down Under angenommen haben?
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nico
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#14 Ungelesener Beitrag von nico » 21.10.2014 09:30

Warum stellt nicht einfach mal jemand die Frage nach dem Unterschied zu SIMAP in deren Forum? Just do it! :D
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Eric
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#15 Ungelesener Beitrag von Eric » 21.10.2014 11:06

Weil es dann ein Doppelpost wäre....
Die Frage ist bereits gestellt und die bisherige Antwort dazu habe ich schon hier gepostet.
Eine Antwort von dem/den Betreiber(n) steht noch aus.

Edit: Hier der Link dazu What's the difference to SIMAP?
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nico
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#16 Ungelesener Beitrag von nico » 21.10.2014 12:10

Ah sorry, übersehen. Danke. Gut, dann können wir uns das Spekulieren sparen und einfach mal abwarten, was die Betreiber dazu sagen....
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Michael H.W. Weber
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#17 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.10.2014 12:15

Ehm, korrigiert mich bitte, falls ich da was übersehen haben sollte, aber in dem oben verlinkten Forenbeitrag kann ich keinerlei Reaktion der Projektbetreiber auf die gestellte Frage entdecken.

Und Nein, ich gehe NICHT davon aus, dass "das WCG Advisory Board" genau nachgesehen hat, was es schon gibt und was nicht.
Im Übrigen läuft auch SIMAP ja weiter, sodass ich nicht davon ausgehe, dass SIMAP nicht auch die kommenden Proteinsequenzen in seine DB integrieren wird - auch wenn dazu zukünftig kein DC Projekt mehr eingesetzt wird.

Für mich bleibt als Rechtfertigung für dieses Projekt einzig die Annotierung der Proteinfunktionen übrig - vor allem derjenigen Proteine, für die bislang keine Funktion identifiziert wurde. Wie dies bewerkstelligt wird, darüber schweigt sich deren Webseite allerdings gründlich aus.

Michael.
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#18 Ungelesener Beitrag von Eric » 21.10.2014 12:53

Eric hat geschrieben: Eine Antwort von dem/den Betreiber(n) steht noch aus.
Michael H.W. Weber hat geschrieben:Ehm, korrigiert mich bitte, falls ich da was übersehen haben sollte, aber in dem oben verlinkten Forenbeitrag kann ich keinerlei Reaktion der Projektbetreiber auf die gestellte Frage entdecken.
Also langsam wird es anstrengend... :-? :roll2:
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#19 Ungelesener Beitrag von Eric » 30.10.2014 09:40

So, es gibt nun eine offizielle Aussage dazu:
Simap has indeed the purpose of mapping protein similarities essentially from the public reference protein sequences and especially domains, resulting in a specific database/repository with very valuable research tools. Back in 2006/2007, the Genomecomparison project focussed on protein datasets from whole genomes, and the use of the rigorous ssearch algoritm for enhanced statistical confidence for inter-genome distance calculations and other applications, while Simap ran a much faster (directional hit detection) Blast implementation, in later years redoing the calculations similar to Genome Comparison.
In the Uncovering Genome Mysteries project, we are concentrating much more on metagenomic sequences from environmental samples, containing mostly as yet unknown organisms. The project involves a very large dataset and aims at the discovery of new enzymatic functions, unusual metabolic pathways, and also pretends to shed more light on the ecological relationships and interactions between micro-organisms in specific niches.
Quelle: https://secure.worldcommunitygrid.org/f ... ost=473797
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#20 Ungelesener Beitrag von Jkcapi » 06.11.2014 16:33

Schade, dachte man könnte ordenlich Bunker bevor es losgeht. Leider gibt es nur 25 WUs pro Kern, das bischen füllt leider die 10 Tage für die Deadline nicht aus :( Alles richtig eingestellt 10 Tage Arbeitspuffer und zusätlicher Puffer auch 10 Tage. Auch auf der Webseite volle pulle eingestellt, es kommt nicht mehr als 25 pro kern. Kann man nix machen :cry2: Die 25 pro kern reicht max für 3 Tage eher weniger. Iss auch eh wurscht, weil Boinc Task einfach nicht richtig funktioniert was das anhalten der WUs betrifft, viele werden trotzdem fertig gerechnet und abgesendet. Ich hab nur FightAdis at Home drin, versteh das einfach nicht, auch neue version macht was sie will, hält an, hält nicht an :bad:
Gruß Jürgen

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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#21 Ungelesener Beitrag von nico » 06.11.2014 18:18

Eric: Danke fürs Zitieren. Das ist doch mal eine Aussage :)

Jkcapi: Ich denke die 25 werden ein Limit von WCG selbst sein - da kann man wohl nix machen. Aber wissenschaftlich gesehen ist Bunkern sowieso Mist :p
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#22 Ungelesener Beitrag von Jkcapi » 06.11.2014 18:39

Naja dann nicht! Dann lass ich es halt und mach meine Lieblingsprojekte, gegen die ganzen serverfarmen haben wir da eh nur plätze zwischen 30-100 zu erwarten, keine chance unter die ersten 10 zu kommen
Gruß Jürgen

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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#23 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 06.11.2014 19:01

Das mit den 25 tasks muss aber neu sein oO
Naja vielleicht setz ich ne vm auf oder so^^
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Re: WCG 10th Birthday Challenge

#24 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 07.11.2014 09:53

Ist zwar schade, aber 25 pro Kern bei Laufzeiten von 2-X Std. ist auch zum Bunkern noch OK, auch wenn man dann eben nicht jetzt schon loslegen kann. Lasst uns da mal etwas ranhauen.

Michael.
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