RNA World: seit einem Jahr im Dornröschenschlaf oder was?

[Eisfelder]

Man hat den Eindruck, daß sich bei vielen Projekten, so auch RNA World, kaum noch was tut. Werden die Rechenleistungen nicht mehr wirklich gebraucht???

[Kolossus]

Bei RNA-World kann ich nicht mitreden, aber bei allen anderen Projekten werde ich mit WUs zugeschüttet....

[Michael H.W. Weber]

Von Dornröschenschlaf kann nicht wirklich die Rede sein. Einige der Dinge, die abgearbeitet wurden, sind übrigens auch auf der RNA World Mainpage beschrieben. Zum Beispiel der Serverumzug. Dann hat RNA World seit einiger Zeit ein neues Outfit und vor allem haben wir lange am Checkpointing im Zusammenhang mit der VM gearbeitet. Diese Dinge sind nun komplettiert. Ein Praktikant probiert sich derzeit noch an einem neuen Screensaver, der dann endlich auch mal zeigen soll, was aktuell berechnet wird.
Ich selbst bringe seit über einem Jahr sehr viel Zeit dafür auf, dass das an RNA World angegliederte Labor einsatzbereit wird. Da hat es immense Fortschritte gegeben und da kann ich demnächst vielleicht auch mal ein paar Fotos machen.

Als nächstes steht die Ergebnisdatenbank auf der Agenda und das Veröffentlichen einiger Softwareentwicklungen, die auch inhaltlich für die Analyse von RNA sehr nützlich sind. Auch die von uns insbesondere für Windows und MacOS kompilierten Clients (nicht verfügbar vom Originalentwickler) sind in unserem Ergebnisbereich verfügbar gemacht worden.

Also: Nicht traurig sein, dass wir im letzten Jahr nicht gerade mit WUs um uns geworfen haben, aber es standen auch viele andere Dinge auf der Agenda, die erledigt werden mussten.
Neue WUs hatte ich schon länger angekündigt, etliche hatten wir auch ausgegeben, aber es hat in der Vergangenheit soviel hin und her mit den Rechnern bei mir gegeben, dass ich es immer wieder verschoben hatte.

Michael.

[ChristianB]

Neue Aufgaben zu erzeugen wäre tatsächlich schnell möglich. Aber dann hätten wir die Ergebnisse auch nur wieder rumliegen und könnten die nicht mit den anderen Ergebnissen korrelieren. Daher hat die Ergebnisdatenbank zur Zeit oberste Priorität und muss erstmal konzipiert und auf die Beine gestellt werden. Dann können wir die bisherigen Ergebnisse importieren und bekommen einen guten Überblick wo noch Lücken sind und neue Aufgaben gezielt erzeugt werden müssen.

Für die Datenbank suchen wir noch Leute die sich gut mit python oder Perl auskennen um Skripte zu schreiben, die uns bei der Konvertierung und Überprüfung der DNA und RNA Ausgangsdaten in das Datenbankformat helfen können.

[Eisfelder]

Danke für die Antworten!

[Tom_unoduetre]

Könntet Ihr nicht mal ein Projektstatus Update auf der Webseite veröffentlichen? Das würde evtl. solche Fragen verhindern. Oder einfach des Öfteren etwas im Newsbereich posten, denn eine alte PR Regel lautet "Es gibt immer etwas zu sagen"

[Michael H.W. Weber]

Jawoll. Hatte ich ohnehin vor.

Michael.

[efchris]

Gibt es eine grobe Zeitplanung, wann wieder mit WU's zu rechnen ist? Dann könnte man ja die nächste TF bei RNAWorld fahren.

[Michael H.W. Weber]

Die lokalen Experimente für die Integration von AutoDock Vina in RNA World sind erfolgreich abgeschlossen und ich habe eine umfangreiche Dokumentation in unserem Redmine-System hinterlegt, die aus meiner Sicht alle techischen sowie wissenschaftlichen Fragestellungen erläutert.
Sobald Christian Zeit findet, kann das Ganze in RNA World integriert werden. Damit verfügt Rechenkraft.net dann mit dem Projekt RNA World über eine komplette "Virtual Screening Pipeline", die beispielsweise zum Auffinden von Medikamentkandidaten dienen kann.

Michael.

[efchris]

Das klingt doch vielversprechend.

[GrafZahl]

Könntet Ihr nicht mal ein Projektstatus Update auf der Webseite veröffentlichen? Das würde evtl. solche Fragen verhindern. Oder einfach des Öfteren etwas im Newsbereich posten, denn eine alte PR Regel lautet "Es gibt immer etwas zu sagen"

Michael, deine Antwort auf diese Frage war, das du das ohnehin vor hattest. Das war vor gut zwei Monaten.
Seitdem ist auf der Website nichts geschehen (Die Nachricht über den simulierten Stromausfall ignoriere ich hier mal).

Bitte poste doch einmal eine Info über den aktuellen Stand und die Gründe, warum aktuell keine WUs ausgeteilt werden. Für Außenstehende, die nicht gerade hier im Forum lesen, könnte das Projekt ansonsten als ungepflegt, wenn nicht tot, erscheinen.

[Michael H.W. Weber]

Ich bin jetzt erstmal halbwegs auf dem Weg nach Hamburg, wo ich bis Dienstag eingebunden bin. Ende kommender Woche poste ich dann ein kleines Update.

Michael.