FAH-News

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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#13 Ungelesener Beitrag von Gast » 09.10.2004 17:30

Gibts den keine neuigkeiten zu dem projekt mehr hier ?
Erfolge und Resultate ? irgendetwas müsst ihr doch wissen, besonders
unser Michael :wave:


Norman

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Michael H.W. Weber
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#14 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 10.10.2004 17:26

Och, doch - Vijay Pande hat gerade einen kleinen Artikel in Nature Biotechnology veröffentlicht, in dem es um Proteinaggregation und einen Algorithmus zu deren Vorhersage geht:

A universal TANGO? pp1240 - 1241
Vijay S Pande
doi:10.1038/nbt1004-1240
Nature Biotechnology 22, 1240 - 1241 (2004)
http://www.nature.com/cgi-taf/Dynapage. ... -1240.html

Man kann annehmen, daß er hier im Zusammenhang mit FAH wieder einge Neuerungen/Erweiterungen plant. :D Ansonsten läuft das Projekt wie immer vor sich hin und wenn ich nicht bei LHC rechne, rechne ich bei FAH.

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#15 Ungelesener Beitrag von Bommer » 11.10.2004 07:30

Was ist eigentlich aus der Sache geworden, dass evtl. die GPU auf Grafikkarten zum berechnen verwendet werden kann ???

Sollte doch bei PCI-Express Karten evtl. möglich sein.

Mfg Bommer

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#16 Ungelesener Beitrag von Mystwalker » 11.10.2004 21:23

Ist alles sehr problematisch, da zur Zeit die Chips noch zu 'beschränkt' sind auf grafische Anwendungen und die Programmier-Erfahrung (und somit -Unterstützung) noch kaum vorhanden ist.
Ich schätze, dass es 2005/06 langsam aufkommt, aber erst in den darauffolgenden Jahren wirklich von Bedeutung ist.

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#17 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.10.2004 09:45

Die Arbeiten an diesem Projekt laufen weiter.

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#18 Ungelesener Beitrag von SpeedKing » 12.10.2004 09:48

Mystwalker hat geschrieben:Ist alles sehr problematisch, da zur Zeit die Chips noch zu 'beschränkt' sind auf grafische Anwendungen und die Programmier-Erfahrung (und somit -Unterstützung) noch kaum vorhanden ist.
Anders formuliert: Es mangelt an einer Hochsprache für Graphikprozessoren (oder besser: deren Umsetzung), die auch für etwas anderes als Graphik zu gebrauchen ist. Wer gerne rumpfriemelt, kann die GPUs natürlich auch heute schon nutzen.
Und als Programmierer eines DC-Projektes würde ich mir mal den Code raussuchen, der es Wert wäre, auf die GPU umgesetzt zu werden, und einen 'Pfriemelwettbewerb' im Internet starten. Es gibt schließlich genügend Leute, die die Zeit, Lust und Fähigkeit haben, sich das anzueignen und den Code umzusetzen.

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#19 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.10.2004 10:40

Wie gesagt, das Projekt wird erst wirklich mit PCI-XPress interessant, d.h. trotz einiger Jahre Entwicklungszeit und Kooperation mit NVIDIA steht man dort nun am Anfang der ersten Anwendungen.

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#20 Ungelesener Beitrag von SpeedKing » 12.10.2004 11:19

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Wie gesagt, das Projekt wird erst wirklich mit PCI-XPress interessant, d.h. trotz einiger Jahre Entwicklungszeit und Kooperation mit NVIDIA steht man dort nun am Anfang der ersten Anwendungen.
Die Algorithmen haben typischerweise ein Verhältnis Rechenzeit : Datentransferzeit, das in die Milliarden oder Billionen geht. Ob die Schnittstelle 10x schneller oder langsamer ist, spielt nicht wirklich eine Rolle. Aber wenn man nichtmal Teile seines Codes rausgeben will (oder darf?), sucht man halt Ausreden...

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#21 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.10.2004 12:05

Vijay hat - und nur das kann ich hier wiedergeben, da ich selbst nicht mehr weiß und auch kein IT Experte bin - Anfang des Jahres gesagt, daß die Einbindung der GraKa in die FAH-Berechnungen mehr als einen kompletten Computer an Zusatzrechenleistung zu bringen scheint und daß diese Technologie sich aber erst mit der XPCI-Kartengeneration sinnvoll wird nutzen lassen. Ob das nun auf den Bus oder die damit verknüpften neuen Chipgeneration bezogen war blieb offen wobei letzteres wahrscheinlich ist.
Ich möchte allerdings nochmal darauf hinweisen, daß dies eigentlich Interna sind, sodaß ihr von all diesem eigentlich nichts wißt (es sind EXPERIMENTE!). ;)

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#22 Ungelesener Beitrag von VadderSchlumpf » 05.08.2005 17:52

Chris Snow, ein Wissenschaftler von Folding@home, erhält zum zweiten Mal in Folge von der internationalen Konferenz "Symposium of the Protein Society" die Auszeichnung ( http://folding.stanford.edu/awards.html )"Best Poster" für wissenschaftliche Ergebnisse, die von Folding@home stammen. Die Arbeit von Folding@home hat sich im letzten Jahr auf Ribosomen konzentriert. Ribosomen sind sehr wichtig für elementare Biologie (Ribosomen synthetisieren Proteine, auch "Translation" genannt), aber auch um zu verstehen, wie ca. die Hälfte aller Antibiotika wirken, da diese an Ribosomen ansetzen. Diese Auszeichnung ist bereits die zweite für Chris Snow und die dritte für Folding@home. Folding@home hat die Auszeichnung in 3 von 4 Konferenzen verliehen bekommen.

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#23 Ungelesener Beitrag von Dennis Kautz » 26.12.2005 19:08

Bereits am 30.11. hat Folding@Home eine neue Publikation herausgegeben, die im "Journal of Molecular Biology" veröffentlicht wurde und auch auf der Projektseite einsehbar ist:
http://folding.stanford.edu/papers.html

Hier die Zusammenfassung:
SUMMARY: How complicated is a helix, and how is the complexity of helical structure affected by the solvent? Here we show, through a novel "computational hydrophobic titration" experiment, that many features of helices can be rationalized and/or explained by considering the interactions along the peptide-solvent interface.

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#24 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 29.12.2005 16:51

Cool. Auf Vijay ist Verlaß. :D

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