Konnte heute Nacht wegen der Hitze in der Bude nicht schlafen und kam dann auf die Idee, mal die WCG-Arbeitsverzeichnisse der aktuell laufenden WUs nach Interessantem zu durchforsten. Herausgekommen ist
dies.
In den Verzeichnissen liegen natürlich auch die auf die
Papain-artige SARS VoV-2 Protease zu dockenden Wirkstoffkandidaten herum (dort läuft ja
Autodock). Bei Gelegenheit bastel ich davon vielleicht mal 'ne kleine "gallery". Pro WU werden offenbar zwei Protease-Varianten und ein bis drei Wirkstoffkandidaten (aus der
ZINC-Datenbank) bearbeitet.
Man wird aus den beiliegenden Steuerdateien vermutlich auch entnehmen können, wo der Fokus der Dockingrechnungen liegt (aktives Zentrum der Protease: In Autodock muss man einen "Suchraum" innerhalb des Proteins definieren;
Papain ist eine
Cysteinprotease, sodass im aktiven Zentrum eine Cystein-Aminosäure eine zentrale Rolle spielen wird).
Blockiert man die
Proteasefunktion (also die Spaltung eines
Polyproteins in seine aktiven viralen Proteinkomponenten) mit einem dort fest (und natürlich möglichst selektiv) bindenden Wirkstoff, so kommen die Funktionen des Virus nicht mehr zur Aktion und das Virus kann sich letztlich auch nicht mehr vermehren.
Michael.
P.S.: Wenn mal jemand von euch noch eine Coronavirus-WU in Rosetta laufen hat, bitte zugehöriges Slotverzeichnis sichern und mir irgendwo zum Download "hinwerfen". Ich schau mir das dann bei Gelegenheit mal an. Um den Slot zu identifizieren, wählt man im BOINC-Manager die WU aus, klickt links auf "Eigenschaften" und kann dort die Slotverzeichnis-Nummer entnehmen.
