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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

Verfasst: 22.09.2020 09:11
von Michael H.W. Weber
Jürgen hat geschrieben:
21.09.2020 20:43
Michael H.W. Weber hat geschrieben:
01.09.2020 07:23
Nochmal: Wer bei WCG oder Rosetta andere DrugTargets als die oben schon vorgestellten findet, möge die Slot-Verzeichnisse sichern, sie mir irgendwo in eine Wolke legen und dann bastel ich bei nächster Gelegenheit etwas hübsches daraus. :D
Wie erkenne ich das (als völlig unbedarfter Laie) ?
Du kannst dazu bei Gelegenheit immer mal in den BOINC-Arbeitsverzeichnissen der jeweiligen WUs nachsehen.
Unter Windows ist das C:\ProgramData\BOINC\slots\
WCG hat dort Dateien mit der Endung .PDBQT und in diesen sind die bearbeiteten Strukturen enthalten.
Ich habe festgestellt, dass die seit Wochen nur eine Struktur (in zwei Varianten) von einem alten 2014er publizierten SARS-CoV-Virus bearbeiten.

Einfach gesagt: Schauen, ob in dem Verzeichnis etwas anderes als

4mm3_002_tyr264-HO--CYS112_flex.PDBQT
4mm3_002_tyr264-HO--CYS112_rigid.PDBQT

auftaucht und dann den Dateinamen hier melden (und ggf. das Slot-Verzeichnis sicherheitshalber mal separat sichern).

Michael.

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

Verfasst: 09.11.2020 13:16
von Michael H.W. Weber
Ihr habt geschlafen. :lol:

Es ist während der Thor Challenge Pure 2020 ein neues COVID19-Target ausgegeben worden: 5REN lautet der PDB-Code - eine bislang noch unpublizierte Kristallstruktur der SARS-CoV-2 Hauptprotease vom 15. März diesen Jahres.
Habe mir das Ganze am Wochenende mal angeschaut und wieder etwas gebastelt... :smilered:

Michael.

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

Verfasst: 16.11.2020 14:40
von Michael H.W. Weber
Ihr schlaft immer noch. :D

Inzwischen ist im Rahmen der "16th Birthday Challenge beim World Community Grid" in der Subprojektrubrik "OpenPandemics" 6Y84 bei mir auf dem Rechner aufgeschlagen.
Baue demnächst vielleicht mal wieder was... :smoking:

Michael.

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

Verfasst: 16.11.2020 15:44
von gemini8
Ich schlafe nicht - ich kümmere mich nicht darum.
Wenn die Projekte vor sich hin laufen, ohne zu zicken, ist für mich alles i.O.
Mehr will ich nicht. ;-)