Frage zu Genomsequenzen und Datenbanken

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hias
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Frage zu Genomsequenzen und Datenbanken

#1 Ungelesener Beitrag von hias » 09.12.2016 23:03

Hallo,

ich wollte mal fragen was so die bekannteste und größte Datenbank für Genomsequencen von Organismen ist.
Ist diese auch frei zugänglich?
Und sind für diese Genome schon die meisten Proteine schon ungefähr bekannt?
Ist es wahrscheinlich, dass komplett verschiedene DNA Sequenzen zu ähnlichen Proteinen oder Proteinen mit der gleichen Funktion übersetzt werden können?

Das sind gerade noch so ein paar Verständnisfragen die ich bei der ganzen Sache habe. Wäre schön wenn mir da jemand auf die Springe helfen könnte :)

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Michael H.W. Weber
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Re: Frage zu Genomsequenzen und Datenbanken

#2 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 10.12.2016 12:58

hias hat geschrieben:ich wollte mal fragen was so die bekannteste und größte Datenbank für Genomsequencen von Organismen ist.
NCBI in den USA.
Man muss dazu sagen, dass es auch andere Datenbanken gibt, also in der EU und in Japan. Es gibt auch eine nicht-redundante, die alle Datensätze zusammenführt. Ich würde aber mal sagen, die NCBI ist nach wie vor das Maß der Dinge.
hias hat geschrieben:Ist diese auch frei zugänglich?
Ja.
hias hat geschrieben:Und sind für diese Genome schon die meisten Proteine schon ungefähr bekannt?
Strikt gesagt Nein, denn es werden pro Tag mehr Genome durchsequenziert als das die darin kodierten Proteine auch tatsächlich experimentell nachgewiesen werden können. Aber im Prinzip haben alle Organismen einen Grundsatz an immer gleichen Proteinfunktionen, sodass man über Ähnlichkeitsanalysen den neu sequenzierten Genen Funktionen zuweisen kann.

Wenn man sich mal klar macht, dass beim Menschen das gesamte Genom in RNA übersetzt wird, man aber bloss ca. 30.000 Proteine findet, komme ich - anders als die überwiegend existierenden Kollegen mit einem "proteinzentrierten Weltbild" - zu dem Schluss, dass die eigentichen Unterschiede zwischen Lebewesen in ihrer RNA und nicht ihren Proteinen bestehen.
hias hat geschrieben:Ist es wahrscheinlich, dass komplett verschiedene DNA Sequenzen zu ähnlichen Proteinen oder Proteinen mit der gleichen Funktion übersetzt werden können?
Ja.
Es ist einerseits so, dass für etliche Aminosäuren mehr als ein Codon stehen, d.h. es kann bei unterschiedlicher DNA-Sequenz durchaus eine identische Proteinsequenz und damit die identische Funktion kodiert werden (die Unterschiede in der DNA sind dann aber vornehmlich in der dritten Base eines jeden Codons (Basentriplett) zu finden und ein Vergleichsalgorithmus würde diese Ähnlichkeit sofort aufdecken).
Desweiteren haben beispielsweise Proteindesignprojekte (darunter war auch mal das Genome@home Projekt des Folding@home-Teams) zum Ziel, dieselbe (oder eine sogar verbesserte) Proteinfunktion mit einer VÖLLIG anderen DNA- und Aminosäuresquenz zu erzielen.

Michael.
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