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von coturnix
22.02.2013 18:04
Forum: Hardware, Software, Technik, Betriebssysteme
Thema: SSE Instruktionssatz auf NEON portieren?
Antworten: 32
Zugriffe: 4068

Re: SSE Instruktionssatz auf NEON portieren?

Soweit ich das beurteilen kann, setzt Infernal nur SSE2 oder höher voraus und arbeitet nur mit 128 Bit. Und nach dem Überfliegen des Source Codes sieht es danach aus, als ob nur 32 Bit floats verwendet werden und keine doubles. Von daher sehe ich grundsätzlich keine Hürden, dass auf NEON zu portiere...
von coturnix
23.03.2011 16:03
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: Endmonster erlegt...
Antworten: 406
Zugriffe: 126271

Re: Endmonster erlegt...

@yoyo: Ob der Validator sich dieses Ergebnis auch noch mal anschauen könnte? *lieb guck*
von coturnix
04.03.2011 20:00
Forum: RNA World Discussions (english)
Thema: Run Times forcms_GA[e30-50MB_Lin65f] tasks
Antworten: 29
Zugriffe: 10052

Re: Run Times forcms_GA[e30-50MB_Lin65f] tasks

Exit status 11 is most likely an indicator for insufficient memory. I had this once when two tasks had their memory peak at the very same time.

Tilman
von coturnix
17.02.2011 21:30
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: WU-SETS
Antworten: 247
Zugriffe: 43399

Re: WU-SETS

*schnürt für Norman ein Päckchen mit 8 x Intron_gpI und 8 GB Peak RAM pro WU* :lol:
von coturnix
13.02.2011 14:28
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: GAS geben bei RNA World
Antworten: 30
Zugriffe: 10766

Re: GAS geben bei RNA@home

Hmm... bei mir funktioniert alles:

Code: Alles auswählen

So 13 Feb 14:27:29 2011	RNA World	Sending scheduler request: Requested by user.
So 13 Feb 14:27:29 2011	RNA World	Reporting 15 completed tasks, not requesting new tasks
So 13 Feb 14:27:39 2011	RNA World	Scheduler request completed
Tilman
von coturnix
11.02.2011 11:13
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: cmsearch läuft nach Ende der WU ohne BOINC Aufsicht weiter
Antworten: 36
Zugriffe: 12262

Re: cmsearch läuft nach Ende der WU ohne BOINC Aufsicht weit

Vor einer Weile hatte ich dasselbe Problem. Damals liefen noch mehrere Projekte parallel, zu wenig Speicher gab es aber nie. Seit dem nur noch RNA World läuft, hab ich keine einzige Leiche mehr entdeckt.

Tilman
von coturnix
11.02.2011 11:08
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
Antworten: 217
Zugriffe: 31359

Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..

@Norman: Bei den Genomen, die du da bekommen hast, liegt der Peak-RAM-Bedarf recht hoch, etwa 5 GB für Oryza sativa Japonica und 7 GB für Canis lupus familiaris. Da dürfen dann wohl nicht mehr als zwei Peaks zusammen fallen, sonst gibt's Ärger.

Tilman
von coturnix
10.02.2011 11:10
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
Antworten: 217
Zugriffe: 31359

Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..

Hui .. fünf könnte durchaus kritisch sein .. wenn ich meinen Peak-RAM-Messungen folge, dann liegt der RAM-Peak für Intron_gpI bei mindestens 3 GB pro WU. Hängt aber sehr von der Genomgröße ab. Kannst du die Tasks mal posten? Es könnten bei den größeren Genomen durchaus auch 5 GB RAM Peak oder gar 7 ...
von coturnix
25.01.2011 22:31
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
Antworten: 217
Zugriffe: 31359

Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..

Danke! Läuft dann jetzt durch, dauert aber ein paar Tage, bis es fertig ist.

Tilman
von coturnix
25.01.2011 22:07
Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
Antworten: 217
Zugriffe: 31359

Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..

Die cmcalibrate binaries sind tatsächlich noch die alten. Ich kann ja mal schauen, ob das mit meinen neuen klappt. Wie komme ich denn an die Eingabedateien für die cmc_Lin64[Rfam-10.0-full2]_RF00028_Intron_gpI_Rfam-10.0_1288799223_27?

Tilman
von coturnix
20.01.2011 20:41
Forum: RNA World Discussions (english)
Thema: Long running work unit
Antworten: 1068
Zugriffe: 270401

Re: Long running work unit

Unfortunately not. It just exited "normally". Looks as if this is really an application problem and I guess we will have to get back to the infernal developers in order to solve this issue. I am sorry for not having more positive news.

Tilman
von coturnix
09.01.2011 22:55
Forum: RNA World Discussions (english)
Thema: Long running work unit
Antworten: 1068
Zugriffe: 270401

Re: Long running work unit

Regarding the "process exited with code 195 (0xc3, -61)" problem: I have almost completed one of the work units you mentioned and I am going to process the last part in debugging mode, maybe that will help us to identify the root cause.

Tilman

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